東涌河河谷生物多樣性非常豐富。有環保團體昨日公布最新調查，於大嶼山首次錄得的大鱗鰭鰕虎魚，為中國特有種，只於珠江口一帶水域有記錄，且於《中國脊椎動物红色名錄》中列為易危。科學界對此物種的認識仍非常有限，對其生態及生境需求的研究更是缺乏，形容是次發現「令人欣喜」。
綠色力量自2018年起，於東涌河中上游至下游嘅河道和河濱，展開生態及水質調查工作。最新調查顯示，共錄得原生淡水魚類66種、兩棲類15種、爬行類17種、蜻蜓55種，以及維管束植物360種，並錄得多種具保育價值物種，包括瀕危的盧氏小樹蛙、屬國家二級保護動物的蟒蛇、易危的斑灰蜻），以及同屬易危的植物石梓。此外，於東涌河首次錄得大鱗鰭鰕虎魚。然而水質調查卻發現東涌河下游普遍受污染，水質持續偏差，極需改善。
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